1ª Exibição: 30/10/2000
Joey e Pacey chegam de seu selvagem e romântico verão em alto-mar para enfrentar um redemoinho de mudanças em Capeside. Pacey descobre que não tem mais lugar para ele na casa de Doug após a chegada de sua irmã mais velha, Gretchen, que ficou com seu quarto, enquanto Joey coloca seu relacionamento com Pacey em risco ao tentar acertar as coisas com Dawson. Ainda no barco, eles combinam de não revelar para ninguém se eles transaram ou não durante a viagem. Joey vai até a casa de Dawson e não encontra ninguém. Mas ao entrar, ela percebe que o quarto de Dawson está totalmente diferente, mais alegre e colorido. Ao ver várias fotos de Dawson com Jen, Jack e Andie, ela percebe que ele não passou o verão se lamentando pela sua perda. Joey acaba indo para a casa de Jen e elas colocam as novidades em dia. Tudo vai bem até Jen não resistir e perguntar se Joey e Pacey transaram. Joey foge da resposta e deixa a dúvida no ar. Jen convida Joey para assistir a um filme no pier com a turma. Ela decide ir sem Pacey, já que eles combinaram de ficar um dia sem se ver. Mas eles acabam indo juntos e temem pelo reencontro com a turma, principalmente com Dawson. Ao ver Joey e Pacey juntos, Dawson decide mudar de lugar. Enquanto Jen vai atrás de Dawson, Jack fica com eles. Joey e Dawson finalmente se encontram, mas a tensão impede que eles consigam conversar. Pacey fica com ciúmes ao ver a ansiedade de Joey em reencontrar Dawson, e eles acabam brigando. Andie decide aproveitar o fim do verão com dois alunos franceses que ela encontrou na praia e que estão fazendo um intercâmbio na escola. Ela mostra a cidade para eles e começa a gostar de um deles, John-John. Mas Andie acaba descobrindo que, na verdade, eles são americanos. Joey vai até o barco de Pacey e eles fazem as pazes. Participacão especial de Jason Daniel Roberts como John-John.
Failing Down (#402)
1ª Exibição: 6/11/2000
No primeiro dia de aula, Dawson, Joey e Pacey terão que se preparar para dividirem o mesmo local. Joey e Pacey tentam decidir como vão se comportar em público, já que agora eles são um casal. Eles se beijam na porta da sala e acabam sendo interrompidos pela chegada de Dawson. Pacey é chamado até a sala do orientador, que no momento está sendo substituído por Mitch, e descobre que, como ele viajou antes do fim das aulas, acabou ficando de recuperação em três matérias. Pacey começa a ficar preocupado quando percebe que, após três anos na mesma classe, talvez não consiga se formar com seus amigos. Ele tenta esconder essa notícia de Joey, fazendo com que ela comece a duvidar dos sentimentos dele quando, inexplicavelmente, ele começa a se afastar. Joey finge ser amiga de uma família rica para conseguir um ótimo emprego num clube da cidade. Lá ela conhece Drue Valentine, que a ajuda em sua farsa. Jen fica preocupada com a falta de notícias de Henry. Mas Jen fica arrasada ao descobrir que Henry pediu para Jack avisá-la que ele quer terminar seu namoro com ela. Pacey e Gretchen alugam uma casa e passam a morar juntos. Mitch pede para Dawson ajudar Pacey na escola mas ele se recusa. Não acreditando no fato de estar preocupado com Pacey, Dawson conta para Joey o que está acontecendo com Pacey, e pede para ela ajudá-lo. Indignada, Joey briga com Pacey por ele não confiar nela e por não pedir sua ajuda. Mais tarde, no barco, Pacey acaba se desculpando com ela.
Two Gentlemen Of Capeside (#403)
1ª Exibição: 13/11/2000
Quando Dawson e Joey são escolhidos para fazerem um trabalho de Inglês juntos, Pacey faz seu último passeio com o "True Love" com Jen e tenta esquecer que sua namorada está passando a tarde com sua ex-alma gêmea, até descobrir que o mar está tão zangado quanto ele. Joey percebe que Pacey e Jen estão no meio de uma perigosa tempestade e talvez eles não consigam sobreviver caso ela e Dawson não superem suas diferenças para salvá-los.
Future Tense (#404)
1ª Exibição: 20/11/2000
Joey teme que seus planos para a faculdade acabe com o seu relacionamento com Pacey, e ela decide se libertar na festa de aniversário de Jen, fazendo com que Dawson e Pacey se tornem babás dela após ela ficar bêbada
A Family Way (#405)
1ª Exibição: 27/11/2000
Com seus sentimentos crescendo e ficando cada vez mais fortes, Joey leva em consideração levar sua relação com Pacey para um outro nível e vai até uma clínica, onde recebe alguns conselhos sobre sexo seguro. Mas quando Bessie descobre que Joey está prestes a transar com Pacey, elas acabam brigando. Dawson descobre que sua mãe está grávida e fica um tanto chocado com a notícia. Enquanto tenta se adaptar as novidades, sua mãe revela que ela não quer ter o bebê. Dawson acaba pedindo apoio para Gretchen e descobre que ela voltou para Capeside após perder o bebê de um ex-namorado da faculdade.
Great Xpectations (#406)
1ª Exibição: 4/12/2000
Após ser aceita para a faculdade, Andie decide se libertar e comemorar. Ela, Jen e Jack vão a uma rave onde encontram Joey, Pacey, Dawson e Gretchen — que, apesar das tensões, foram juntos a festa. Ao descobrir que Drue deu duas pílulas de Ectasy para Jen, Andie fica curiosa para saber as sensações que ela sentiu ao tormar uma. Sem Jen perceber, Andie acaba tomando uma pílula de Ectasy, o que poderá se tornar uma combinação mortal com os seus remédios contra a depressão, e logo começa a ficar "pirada". Jen fica preocupada e faz de tudo para que ninguém descubra o que aconteceu. Mas Drue percebe que Andie está "ligada" e a ajuda a se libertar. Mas, durante uma dança, Andie acaba desmaiando. Jack fica furioso com Jen ao descobrir que foi ela quem deu o Ectasy para sua irmã. Jen fica arrasada e acaba não indo ao hospital com o restante da turma. Pacey fica muito preocupado com Andie e pede para Joey deixá-lo ficar no hospital. Joey e Dawson passam a noite juntos conversando. Andie pede desculpas para Jack e seu pai, pois, apesar de entrar na faculdade, ela achou que estava faltando algo em sua vida e apenas queria se divertir.
You Had Me At Goodbye (#407)
1ª Exibição: 11/12/2000
O mistério sobre Joey escolher entre Dawson ou Pacey para fazer uma indicação intitulada "A Pessoa Que Me Conhece Melhor" para uma faculdade, é deixando de lado quando Andie anuncia que ela está indo embora de Capeside.
The Unusual Suspects (#408)
1ª Exibição: 18/12/2000
Dawson, Pacey e Jack são os principais suspeitos de terem feito uma brincadeira de mau gosto com o diretor Peskin (Harry Shearer), para marcar o último ano deles na escola. Mas o interrogatório deles acaba revelando que aparentemente eles tem um álibe inconstestável, até que um outro suspeito vem à tona.
Kiss Kiss Bang Bang (#409)
1ª Exibição: 8/1/2001
Joey fica magoada quando descobre que Gretchen está substituindo seu lugar ao lado de Dawson. Mas ela e Pacey não esperavam vê-la beijando Dawson na festa de Natal na casa dos Leery.
Self-reliance (#410)
1ª Exibição: 15/1/2001
Joey fica arrasada após ter visto Dawson e Gretchen, a irmã de Pacey, se beijando. Isso começa a interferir na vida dela, fazendo com que ela recuse a ajuda de Pacey na pousada e vá mal numa prova. Pacey fica preocupado com isso e decide deixar seu orgulho de lado e manda ela ir conversar com Dawson para que eles resolvam seus conflitos sentimentais de uma vez por todas. Isso faz com que Joey e Pacey briguem, mas ela acaba indo à casa de Dawson para conversar com ele. Ela está decida a questioná-lo sobre o beijo, mas quando ele lhe dá uma foto dela com Pacey como presente de Natal, ela acaba desistindo e pede apenas para que ele faça o que o coração dele mandar. Pacey convence o professor de Joey a dar mais uma chance para ela refazer a prova. Jen convence Jack a participar de uma reunião de um grupo gay da cidade, mas ele acaba entrando em conflito com um dos líderes sobre sua postura de demonstrar sua homossexualidade. Enquanto isso, Dawson e Gretchen, tentam negar que algo esteja acontecendo entre eles, mas seus sentimentos acabam falando mais alto.
Tao Of Dawson (#411)
1ª Exibição: 22/1/2001
Pacey fica desconfortável quando Dawson admite o que está sentindo por Gretchen. Ao fazer uma viagem de carro com sua irmã, Pacey a encoraja a tentar reconquistar seu ex-namorado (Christian Kane). Mas Pacey entra em conflito ao descobrir que o ex de sua irmã não é a pessoa que ele esperava que fosse. Enquanto isso, Joey tem mais uma semana ruim quando fica presa na sala da limpeza com seu pior inimigo... Drue Valentine. Dawson vê o amor entre a avó de Jen e Brooks crescer, mas fica preocupado quando percebe que Brooks não está levando o relacionamento a sério.
The Te Of Pacey (#412)
1ª Exibição: 12/2/2001
Joey planeja uma festa surpresa no aniversário de 18 anos de Pacey, mas ela entra em pânico quando ele a faz prometer que somente eles dois irão comemorar a ocasião, já que todos os seus aniversários somente arruinaram sua família, e esse acabará não sendo uma exceção a "maldição" de seus aniversários. Dawson fica desapontado com Gretchen quando ela continua a adiar o primeiro encontro oficial deles, e fica ainda mais perplexo quando ela insiste em manter o relacionamento deles em segredo. Forçada a perder a festa de Pacey para terminar seu trabalho comunitário obrigatório, o humor de Jen melhora quando ela trabalha ao lado de Tobey.
Hopeless (#413)
1ª Exibição: 19/2/2001
A Sra. Valentine concorda em dar um dias de folga para que Joey possa fazer uma viagem para conhecer a faculdade, mas com uma condição: ela e Pacey terão que ir a um encontro com Drue e Anna Evans, uma jovem aluna de outra escola, e garantir que Drue se comporte. O encontro prova ser desastroso, principalmente quando Anna começa a ficar mais interessada em Pacey do que em Drue, o que acaba forçando Joey e Pacey a confrontar o relacionamento sexual deles — ou a falta dele. Enquanto isso, Dawson sente-se humilhado quando uma noite fora com Gretchen e seus amigos da faculdade, serve apenas para acentuar a diferença de idade entre eles. Tobey faz um convite para Jack.
A Winter's Tale (#414)
1ª Exibição: 26/2/2001
Enquanto o restante da turma de 2001 está numa viagem a uma estação de esqui, Dawson fica em Capeside para a ajudar o Sr. Brooks, que está quase morrendo. Dawson terá que tomar uma decisão, com a ajuda de um velho amigo do Sr. Brooks, se deve ou não deixar os aparelhos que o mantém vivo ligados. Enquanto isso, há muito mais coisas acontecendo na estação de esqui do que o planejado. A noite traz um inesperado momento romântico entre os melhores amigos Jack e Jen que, após ficarem bêbados, quase transam. Pacey e Joey, sentindo a pressão para finalmente transarem, tentam salvar seu relacionamento, apesar de tudo e de todos tentarem acabar com ele. Joey finalmente decide que chegou a hora dela e de Pacey transarem e eles passam a noites juntos. Participação especial de Andy Griffith.
Four Stories (#415)
1ª Exibição: 12/3/2001
Num episódio dividido em quatro histórias independentes, cada uma com começo, meio e fim em cada um dos blocos, a turma enfrenta alguns dilemas que irão mudar o futuro de suas vidas. "About Last Night" — Na manhã seguinte a grande noite, Joey e Pacey descobrem que dormiram até tarde e acabaram perdendo o ônibus que os levaria de volta à Capeside. Enquanto esperam pelo próximo ônibus, eles percebem que estão enfrentando as tensões que acompanham o último estágio do desenvolvimento de um relacionamento. Enquanto Pacey fica eufórico e quer contar ao mundo o que aconteceu, Joey prefere manter tudo em segredo. Pacey questiona se ela contaria a verdade para Dawson e Joey diz que a única coisa que ela poderia dizer é a verdade. "The Big Picture" — Logo após o enterro do Sr. Brooks, a avó de Jen pede a Dawson para ajudá-la a doar todas as coisas e lembranças que ele guardava na garagem. Mas Dawson não consegue lidar muito bem com isso, já que ainda não superou a perda de um grande amigo. Enquanto mexem nas coisas dele, Dawson e Gretchen acham uma peça que o Sr. Brooks escreveu quando tinha a mesma idade de Dawson. Procurado pelo advogado do Sr. Brooks, Dawson descobre que ele lhe deixou sua herança. "Excess Baggage" — Como punição por ter tomado todas as bebidas do mini-bar do hotel durante a viagem, o Sr. Kasdan decide enviar Jen a um psicólogo para que ela possa discutir seus problemas com a adolescência. Mas um problema de comunicação pode atrapalhar o relacionamento de Jen com seu psicólogo. Jen está convencida de que ele não é capaz de entender seus problemas, até seu psicólogo fazer um pequeno resumo de sua vida: ela está sozinha e se arrepende de algumas decisões feitas no passado. "Seems Like Old Times" — De volta a Capeside, os caminhos de Joey e Dawson colidem e eles passam a noite conversando sobre o que fizeram no último fim de semana. Joey pede desculpas por não ter ficado na cidade para apoiar Dawson num momento tão difícil. Sentindo uma mudança no comportamento de Joey, Dawson pergunta se ela dormiu com Pacey, forçando-a a considerar se deve ou não dizer a verdade. Com medo de magoar Dawson novamente, Joey mente e diz que nada aconteceu entre ela e Pacey.
Mind Games (#416)
1ª Exibição: 19/3/2001
O resultado da eleição para a escolha do casal do ano deixa Joey pertubada, já que ela e Dawson foram os escolhidos. Apesar de Dawson e Pacey ignorarem as provocações de Drue, Joey decide enfrentá-lo. Pacey tenta convencer Gretchen a passar a noite fora para que ele e Joey possam transar novamente, e ela acaba descobrindo o que aconteceu na viagem. Como os pais de Dawson viajaram, Gretchen passa a noite assistindo filmes com ele, mas quando ele revela que Joey lhe disse que nada aconteceu entre ela e Pacey, Gretchen decide ir embora, pois percebe que talvez tenha cometido um erro ao namorar Dawson. Gretchen confronta Joey sobre sua decisão, já que isso poderá impedir que ela e Dawson tenham um relacionamento mais íntimo. Pacey fica surpreso ao descobrir que Joey mentiu para Dawson ao ser confrontada sobre a noite que eles passaram juntos na estação de esqui, e tenta entender como a relutância dela poderá afetar o futuro deles juntos. Enquanto isso, Jen recruta Jack para acompanhá-la nas suas investigações sobre a vida pessoal de seu psicólogo. Quando eles estão quase convencidos de que ele é gay, eles conhecem sua namorada e Jen descobre que ele sabia que estava sendo espionado.
Admissions (#417)
1ª Exibição: 23/4/2001
Embora tenha sido aceita na "faculdade dos seus sonhos", Joey fica preocupada com o fato de que não terá dinheiro para pagá-la. Dawson oferece a Joey o dinheiro que ele herdou do Sr. Brooks, mas a sua culpa por ter mentido sobre a noite que ela e Pacey passaram juntos, poderá fazer com que ela fique para sempre em Capeside. Enquanto isso, Jen e Jack estudam suas opções para a faculdade. Enquanto Jack está convencido de que ele deve ir para Nova York, Jen não tem muita certeza de que ela está pronta para retornar a sua antiga cidade. Uma sessão de terapia força Jen a confrontar seu passado.
Eastern Standard Time (#418)
1ª Exibição: 30/4/2001
Joey fica contente ao saber que terá a companhia de Jen na excursão que ela irá fazer para Nova York, onde irá conhecer uma faculdade. Mas não demora muito para Joey perceber que ela e Jen tem motivos diferentes para fazer essa viagem. Em Nova York, Jen acaba encontrando e confrontando seu pai, que se manteve afastado dela durante todo o tempo em que ela ficou em Capeside. Anciosos para trazer alguma espontaneidade ao relacionamento deles, Gretchen e Dawson decidem fazer uma viagem... Mas a viagem que começou como uma deliciosa diversão, acaba se transformando num desastre. Enquanto isso, em Capeside, Pacey e Drue percebem que foram os únicos que ficaram na cidade. Sem ter o que fazer, eles decidem se divertir pra valer, ao estilo de Drue, fazendo com que Pacey questione seriamente o que o futuro lhe reserva. Além disso, Pacey e Drue acabam sendo presos.
Late (#419)
1ª Exibição: 21/5/2001
Com a proximidade da chegada do bebê de Gale, as garotas preparam uma chá de bebê. Joey teme e recusa-se a acreditar que ela possa estar grávida, e entra em pânico quando não consegue encontrar Pacey, para lhe contar o que está acontecendo. Enquanto Dawson aguarda a chegada de sua irmã caçula, ele e Gretchen reconsideram o futuro deles juntos quando ela pensa em aceitar um trabalho em outra cidade. Enquanto isso, Jack tenta encontrar uma maneira de ajudar um amigo assustado após Tobey se tornar vítima de um crime de racismo.
Promicide (#420)
1ª Exibição: 4/6/2001
Joey e Pacey sentem uma tensão desconfortável em seu relacionamento, que poderá separá-los. Quando Pacey despreza Joey no baile de formatura do último ano, Dawson rapidamente tenta reparar a situação. Jen fica bêbada e tem um encontro com uma pessoa inesperada e Jack finalmente inicia um relacionamento com Tobey — que acaba resultando num beijo. Enquanto isso, Gretchen recebe más notícias, o que a leva a refletir sua vida e seu relacionamento com Dawson.
Separation Anxiety (#421)
1ª Exibição: 11/6/2001
Após o fracasso do baile de formatura, Dawson descobre que Gretchen está indo embora e decide seguir seu coração e ir com ela. Mas uma inesperada oportunidade poderá fazer com que ele mude de idéia. Joey e Pacey consideram terminar seu relacionamento. Mas as coisas se complicam quando o Sr. Kubelik, da Universidade de Worthington, pede que Joey leve Pacey a festa de confraternização com os novos alunos. Enquanto isso, Jen toma uma assustadora decisão sobre o seu futuro, e Jack tenta convencê-la a mudar de idéia.
The Graduate (#422)
1ª Exibição: 18/6/2001
A turma de 2001 da Capeside High se prepara para a formatura e para deixar a vida na escola para trás, quando chega ao fim um capítulo nas vidas de Dawson, Joey, Jen e Jack. Dawson e o restante da turma estão anciosos para o início da formatura, mas o temperamento de Pacey poderá lhe custar o seu diploma. Joey tenta preparar seu discurso para a cerimônia e Dawson a ajuda a encontrar uma boa inspiração, quando ela recebe um inesperado presente que sua mãe lhe deixou para a ocasião. Enquanto isso, Andie chega da Itália para a formatura e fica surpresa ao conhecer Tobey, o novo namorado de Jack. E Drue convence Jen a ajudá-lo a preparar uma brincadeira inesquecível para marcar a formatura deles.
Coda (#423)
1ª Exibição: 25/6/2001
Enquanto Pacey decide passar o verão velejando, Dawson faz suas malas para passar o verão num programa de filmes na Califórnia. Dawson planeja passar sua última noite em Capeside com Joey, Jack e Jen, mas descobre que Mitch tem outros planos para ele. Dawson se esforça para se despedir de Joey, que secretamente gostaria que ele passasse o verão ao seu lado. Enquanto isso, Jen também tenta lidar com as despedidas, e com o fato de que não irá mais morar com sua avó.